Na przełomie XVII i XVIII w. wstrząsnęły Koroną Polską i Litwą wydarzenia wielkiej wojny północnej. Na Litwie zatargi i walki między dwoma potężnymi rodami magnackimi - Sapiehami i Wiśniowieckimi - rozbiły szlachtę na dwa wrogie, zawzięcie zwalczające się obozy. Miarę zamętu i nieszczęść dopełniło wmieszanie się państw ościennych w wewnętrzne sprawy Polski. Przemarsze, postoje, rekwizycje wojsk saskich, szwedzkich, rosyjskich i konfederackich pustoszyły kraj. Terenem, na którym działania wojenne doszły do największego napięcia były okolice Wilna i Pińska. Losy mieszkańców tych ziem dzieliły kolegia jezuickie. Jednym z nich było Kolegium w Pińsku. Rektorem tegoż kolegium od stycznia 1702 r. był Marcin Godebski, człowiek nieugiętego charakteru, wielkiej wiedzy i dobry administrator. Gdy niebezpieczeństwa zagrażały kolegium z powodu nadchodzących w okolice Pińska wojsk, Godebski popadł w pewnego rodzaju rozterkę duchową i rozważał, jakimi sposobami uchronić kolegium i zakonników od nieszczęścia, które bardzo szybko się zbliżało. Jednak trudno było coś postanowić w sytuacji rozbicia społeczeństwa na różne stronnictwa i obozy. W tej beznadziejnej sytuacji Godebski szukał natchnienia w modlitwie.

Modlitwy rektora sprawiły, że sam Bóg przyszedł mu z pomocą. Kiedy po modlitwach wieczornych w niedzielę 16 kwietnia 1702 r. Godebski ułożył się na spoczynek - ukazał mu się nocą nieznany jezuita, z którego miłej i pociągającej twarzy biła jakby nieziemska jasność. Uczynił on najpierw Godebskiemu wyrzut, że szuka protektorów tam, gdzie ich znaleźć nie może i zapowiedział, iż on sam, Andrzej Bobola, zamordowany przez Kozaków, otoczy kolegium opieką pod warunkiem, że rektor poleci odszukać jego ciało, pochowane we wspólnej krypcie pod kościołem i umieści je oddzielnie od innych. Po tych słowach Męczennik znikł. Godebski zerwał się natychmiast z posłania i pośpieszył z wiadomością do ojca duchownego kolegium Jerzego Krupowicza. Obydwaj postanowili wszcząć nazajutrz poszukiwania ciała Andrzeja Boboli. Wieść o jego ukazaniu się rektorowi kolegium pińskiego szybko obiegła całe miasto. Z rana polecił Godebski bratu Wawrzyńcowi Kosmanowi, by z pomocą służby kościelnej przystąpił bezzwłocznie do poszukiwań trumny Boboli. Natknięto się jednak na ogromne trudności. Okazało się bowiem, że wskutek burzliwych dziejów kolegium i ustawicznych przesunięć personalnych nie było na miejscu nikogo z uczestników pogrzebu Boboli. Nikt też nie pamiętał daty jego śmierci, ani miejsca złożenia trumny. Wszak już 45 lat spoczywały święte relikwie w zapomnieniu w podziemiach kościelnych. Poszukiwania w archiwum przez Rektora też nie dały pozytywnego rezultatu, gdyż stara księga urzędowa, w której spisano nekrolog Andrzeja Boboli, katalog osób oraz historia kolegium znajdowały się już w archiwum prowincji, w domu profesów przy kościele św. Kazimierza w Wilnie.

Poszukiwania w krypcie zawalonej stosami trumien, prowadzono zupełnie bez planu, bo nie posiadano spisu pochowanych. Bezowocność dwudniowych poszukiwań wprawiła rektora i zakonników w zakłopotanie, z którego wybawił ich dopiero mieszczanin piński Józef Antoni Szczerbicki, przynosząc wieczorem 18 kwietnia znalezioną przez siebie kartę z nazwiskami pochowanych pod kościołem, na której zanotowano: "O. Andrzej Bobola okrutnie zamordowany w Janowie 16 maja 1657 r. przez niegodziwych Kozaków: poddany wielu mękom, w końcu odarty ze skóry, pochowany przed wielkim ołtarzem". W ten sposób dowiedziano się o dniu śmierci i miejscu złożenia trumny Boboli. Zakrystian świecki - Prokop Łukaszewicz zeznał w 1719 r. pod przysięgą, że w nocy z 18 na 19 kwietnia 1702 r. ukazał mu się w czasie snu Bobola i powiedział: "Ciało moje znajduje się w ziemi, w rogu piwnicy, po lewej stronie, tam szukajcie, a znajdziecie" . W środę (19 kwietnia) przystąpiono znowu pod osobistym kierunkiem Godebskiego do energicznych poszukiwań w miejscu wskazanym na wspomnianej karcie. Po trzech godzinach odkryto wreszcie trumnę. Leżała na wskazanym miejscu, wkopana w ziemię, z której widoczne było tylko wieko, a na nim krzyż i napis: "O. Andrzej Robola TJ umęczony i zabity przez Kozaków". Radość z odnalezienia trumny Boboli szybko przeszła w wielkie zdumienie, gdy po zdjęciu wieka obecni zobaczyli, że ciało Męczennika jest zupełnie dobrze zachowane, bez oznak rozkładu i woni właściwej trupom. Ciało zachowało tak świeży wygląd, jakby nie 45 lat temu, ale wczoraj było pochowane. Wyraźne były ślady tortur, rany rumieniły się, jakby od świeżej, choć skrzepłej krwi. Ciało dokładnie oczyszczono, owinięto w nowe prześcieradło, okryto suknią i czarnym ornatem z adamaszku i przełożono do nowej trumny, którą umieszczono na rusztowaniu w środku krypty naprzeciw okna.

Wiadomość o odnalezieniu ciała Boboli, zachowanego od rozkładu, pomimo że przez 45 lat spoczywało wśród rozkładających się trupów rozeszła się szybko po okolicy. Tak rozpoczął się kult Męczennika. Mieszczanie Pińska i Janowa oraz okoliczna ludność wiejska przypomniała sobie szybko swego uwielbianego Apostoła i poczuła tłumnie gromadzić się przy okienku krypty, gdzie ciało, złożone do nowej trumny, spoczywało na podwyższeniu.

Wkrótce potem wielka liczba ludzi rozmaitych grup społeczeństwa zaczęła przybywać do Pińska, aby się przekonać naocznie o tym cudzie. Klękali, modlili się przed ciałem Męczennika i prosili go o ratunek w tych tragicznych czasach. Ojciec Andrzej Bobola nie pozostał głuchym na wołania swych czcicieli, ale wiernie począł wypełniać obietnicę daną Godebskiemu. Jezuici pińscy powierzyli swe losy Męczennikowi i wnet doznali jego opieki. Rosyjski dowódca pułków riazańskiego, azowskiego i nowogrodzkiego po zajęciu Pińska wystawił rektorowi, z własnej inicjatywy, dyplom chroniący kolegium pińskie i jego majątki od postojów i rekwizycji wojskowych. Tak samo postąpili później inni dowódcy rosyjscy. Odczytano te decyzje jako łaskę i przypisano je wstawiennictwu Męczennika. A potem, gdy epidemia pochłonęła wiele ofiar na terenach Rzeczypospolitej, a Pińszczyznę nieszczęście całkowicie ominęło, kult Męczennika rozszerzał się i utrwalał wśród ludu.